کتاب ولایت و حکومت شامل چهل‌ونه قطعه منتخب از بیانات حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، پیرامون مبانی ولایت الهی و شاخصه‌های حکومت اسلامی و حاکم اسلامی است. در انتخاب قطعات بیشتر از دو منبع بهره برده‌ایم. مباحث مربوط به مبانی ولایت، برگرفته از سلسله‌جلسات طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن است. و اغلب مباحث مربوط به حاکم و حکومت اسلامی استفاده‌شده از خطبه‌های نمازجمعه حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در سال‌های ۱۳۶۲، ۱۳۶۳ و ۱۳۶۶ است.
کتاب مشتمل بر نه فصل و دو ضمیمه است. چهار فصل ابتدایی کتاب، با عناوین بعثت و نبوت، ولایت الهی، اولی‌الامر و طاغوت در مقام تبیین خطّ ممتدِ ولایت الهی، مفهوم اولی‌الامر و مصداق آن، پیوندهای جامعه اسلامی، ولایت طاغوت و چهره حاکم طاغوتی است. چهار فصل بعدی با عناوین حکومت الهی، حاکم اسلامی، جریان ولایت در دوران غیبت و مهدویت به تشریح مباحثی ازقبیل فلسفه حکومت در اسلام، عناصر سه‌گانه حکومت در اسلام، خصوصیات حاکم اسلامی، وظایف حاکم اسلامی، حق حاکمیت دین، جدایی دین از سیاست، ولایت فقیه، پیشینه ولایت فقیه، حدود اختیارات ولی‌فقیه و آثار اعتقاد به مهدویت می‌پردازد. فصل نهم مجموعه‌ای است از دعاهای ایشان، در دسته‌بندی موضوعی که در پایان سخنرانی‌ها داشته‌اند.
و اما ضمیمه‌های ارزشمند آن، عبارت است از شرح بخش‌هایی از فرمان امیرالمؤمنین به مالک اشتر و متن همین فرمان. معظم‌له طی چندین سال در دیدارهایی که با اعضای دولت داشته‌اند بخش‌هایی از این فرمان را تشریح کرده‌اند.